Musterklammer synonym

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ein beeindruckender Teil eines Theaterstücks, Films, Buches oder Musikstücks, oft in einem traditionellen Muster oder Stil wir haben gezeigt, dass die krebsbedingten Gene deutlich niedrigere Nsy/Syn-Verhältnisse aufweisen (Abb. (Abb.3),3) und dass die synonymen oder nicht synonymen Mutationen in krebsbedingten Genen dazu neigen, die Codonpräferenz oder Codonhäufigkeit im Vergleich zu anderen Genen zu erhöhen (Abb. (Abb.4).4). Es ist vernünftigerweise zu fragen, ob das nsy/syn Verhältnis von Genen und die sich ändernde Richtung der Codonpräferenz korreliert sind. Entgegen unserer Erwartung ist auf Genebene das nsy/syn-Verhältnis und die Delta-Codon-Bias (Zusätzliche Datei 3: Abbildung S2A) oder die Delta-Codon-Frequenz (Zusätzliche Datei 3: Abbildung S2B) positiv korreliert. Hier kommt das Dilemma der krebsbedingten Gene. Krebsbedingte Gene sind die Gruppe von Genen mit niedrigen Nsy/Syn-Verhältnissen, aber hohen Delta-Codon-Bias/Frequenzwerten. Wir wählten die krebsbedingten Gene mit relativ niedrigen Nsy/Syn-Verhältnissen (nsy 2 und syn 2) aus und zeigten die Top 20 Gene mit der höchsten Delta-Codon-Bias (Zusätzliche Datei 3: Abbildung S2C). Diese Gene sollen am meisten unter dem Dilemma leiden. Wir haben auch die relative Position der nicht synonymen oder synonymen SNPs auf den CDS dieser 20 Gene dargestellt (Zusätzliche Datei 3: Abbildung S2D). Angesichts des Dilemmas krebsbedingter Gene könnten wir bedenken, dass die nsy/syn-Verhältnisse und die Codon-Nutzung eine unabhängige Rolle bei der Onkogenese spielen könnten.

Dies ist nicht paradox, da die nicht synonymen Mutationen zu Krebs beitragen, indem sie die Aminosäure und die Proteinfunktion verändern, während synonyme Mutationen angeblich zu Krebs beitragen, indem sie die Codon-Nutzung und die mRNA-Translationsrate beeinflussen. Wie wir bereits erwähnt haben, ist die wichtigste Selektionskraft, die auf Synonymmutationen einwirkt, die Voreingenommenheit der Codon-Nutzung. Wir folgten einer frühen Studie [21] und berechneten die Parameter, die für die Codon-Bias erforderlich sind (siehe Methoden für Details). Kurz gesagt, jeder der 59 Sense-Codons (ohne drei Stop-Codons und zwei Codons ohne Synonyme) hat einen “Codon-Bias-Wert” zwischen 1 und 1 (was eigentlich ein Korrelationskoeffizient ist). Ein positiver Wert gibt ein bevorzugtes Codon an und umgekehrt. Das Ausmaß der Präferenz nimmt mit diesem Codon-Bias-Wert zu (Abb. 4a). Wie deutlich gezeigt, sind die bevorzugten Codons C/G-Endung und diese nicht bevorzugten sind A/T-Endung. Aber behandeln Sie diesen Codon-Bias-Wert nicht einfach als die Häufigkeit jedes Codons, der im Genom erscheint. Die Codon-Bias- und Codon-Frequenz ist in den bevorzugten oder nicht bevorzugten Gruppen getrennt, aber nicht zusammen stark korreliert (Abb. (Abb.4b).4b). Daher könnten die Codon-Bias und die Codon-Frequenz als unabhängige Parameter verwendet werden, um eine synonyme Änderung zu messen.

Für jedes Synonym menschliches SNP berechneten wir die Veränderung (Delta) von Codon-Bias und Codon-Frequenz nach Mutation. Wir teilten alle diese Synonyme in zehn Abschnitte mit der Reihenfolge der zunehmenden Delta-Codon-Voreingenommenheit (Abb.